El Programa administra becas de grado y postgrado tanto en el ámbito nacional como internacional para los siguientes sub programas:

Becas Señor Presidente

Al Exterior
Son acreedores a estas Becas, el estudiante que obtenga la nota más alta en la PAES cada año y el estudiante de mayor rendimiento en el Programa Talento Matemático a cargo del Ministerio de Educación (MINED) u otros que éste establezca, tales como: talentos en ciencias, técnicas, humanidades y/o arte.

Nacionales
Son acreedores a estas Becas los estudiantes que hayan obtenido la más alta nota en la PAES en cada uno de los catorce departamentos del país, con excepción del más alto puntaje nacional.

Becas al Talento Salvadoreño

Este subprograma otorga una beca anual a académicos e investigadores destacados que residan en el país o en el exterior a fin de fortalecer la especialidad del beneficiario en El Salvador.

Las postulaciones para estas becas podrán ser realizadas por Ministerios o Instituciones de Educación Superior y deberán dirigirse al Ministerio de Educación. La asignación final de estas becas la hará el MINED asesorado por el Consejo de Educación Superior o CONCULTURA, según sea el caso.

Becas a la Excelencia Académica

Este subprograma estimula a los estudiantes y profesionales que cuentan con historial académico excelente y que su condición socio-económica sea limitada para su formación o especialización; además están orientadas a mejorar la capacidad profesional a fin de impulsar el desarrollo del país.

Las becas podrán ser otorgadas para realizar estudios en instituciones educativas a nivel universitario, institutos tecnológicos y especializados de educación superior, tanto en El Salvador como en el extranjero.